Parallelamente alla liquidazione finanziaria, tra l’estate 1952 e l’inizio del 1953 si verifica lo sgombero di Nomadelfia. Le operazioni sono dirette dal generale in pensione Panerai, che ha ricevuto l’incarico dalla Prefettura di Modena.
Lo sgombero è un lungo processo e si articola. Panerai deve censire tutti gli abitanti di Nomadelfia, maggiorenni e minorenni. Per quanto riguarda gli adulti, una volta identificati ricevono un foglio di via e vengono accompagnati dalla polizia nei loro Comuni di provenienza. I minorenni, invece, vengono smistati tra vari enti caritatevoli o, laddove possibile, restituiti alle famiglie di origine. Il processo di allontanamento non è sempre uguale nella sua intensità: è soprattutto tra luglio e agosto 1952 che si verifica il rimpatrio degli adulti e l’accompagnamento ad altri istituti dei minori: in un mese 300 persone vengono allontanate da Nomadelfia.
Il risultato è la lenta e decisa distruzione della comunità e dei nuclei familiari costruiti negli anni.