Il suo tentativo, che nasce dall’idea che l’esperienza di don Zeno costituisca un modello per una profonda riforma della Chiesa, fallisce di fronte all’ostilità delle gerarchie ecclesiastiche, primo fra tutti il generale dell’ordine Alfonso Benetti, che ordina ai Serviti di abbandonare Nomadelfia. Contestualmente, però, Vannucci matura un proprio allontanamento da don Zeno, dal quale si sente via via diviso dalle contraddizioni da lui individuate nella vita di Nomadelfia. Alla sua esperienza fa ampio riferimento nel suo epistolario, attualmente conservato presso l’archivio di Nomadelfia. Queste lettere sono di particolare utilità non solo per riportare in primo piano episodi e personaggi della comunità di Fossoli, ma anche per comprendere meglio il pensiero del Vannucci come teologo. Con la chiusura di Nomadelfia, Vannucci si sposta dapprima nella comunità di Sansepolcro, quindi a Firenze, dove collabora stabilmente con il suo confratello David Maria Turoldo.