Dopo l’emanazione dell’ordinanza di polizia n. 5, nella provincia di Bologna la persecuzione degli ebrei assunse un carattere sistematico. Il capo della provincia Guglielmo Montani non ritenne necessario istituire un campo provinciale, ma fece ricorso al carcere giudiziario di San Giovanni in Monte, già utilizzato dall’Aussenkommando tedesco di Bologna come luogo di detenzione e smistamento dei prigionieri politici e razziali.
In questa nuova fase, l’arresto degli ebrei venne assunto direttamente dalle autorità italiane, con un ruolo centrale della Questura di Bologna, che operò in stretto coordinamento con le tenenze dei carabinieri, i commissariati periferici e il Comando della Polizia di Sicurezza Germanica con sede in città. Le direttive tedesche, progressivamente più stringenti, vennero estese anche ai ricoverati negli ospedali e, dalla fine di marzo 1944, agli ebrei classificati come “misti”.
I primi trasferimenti verso il campo di Fossoli avvennero già all’inizio del 1944. Il 10 gennaio 1944 la Questura dispose la traduzione di 33 ebrei anglo-libici, precedentemente internati a Camugnano e detenuti dal 5 gennaio nel carcere di San Giovanni in Monte. Il convoglio partì dalla stazione di Bologna (Borgo Panigale), con l’aggiunta di una carrozza destinata agli internati diretti a Fossoli.
Ulteriori traduzioni furono effettuate dalla Questura il 13 gennaio e il 15 febbraio 1944, sempre con prelievo dal carcere giudiziario. In questi casi, il trasferimento venne materialmente eseguito da agenti della Questura, con il concorso dei carabinieri, ed ebbe luogo su disposizione o comunque a disposizione del locale Comando della Polizia di Sicurezza Germanica, come risulta dalla documentazione.
Nei mesi successivi, i pochi ebrei arrestati nella provincia vennero generalmente tradotti a Fossoli per iniziativa diretta delle autorità tedesche, con accompagnamento effettuato da militi tedeschi o da agenti italiani su ordine tedesco, come attestano le carte della Questura di Bologna del periodo marzo–maggio 1944.
Accanto agli ebrei, il carcere di San Giovanni in Monte svolse un ruolo centrale anche per la detenzione e lo smistamento dei prigionieri politici. Nel corso della primavera del 1944 si registrarono almeno tre trasferimenti collettivi di detenuti politici da Bologna a Fossoli, effettuati su camion:

Il 12 giugno 1944, arrivarono a Fossoli 50 lavoratori che erano stati rastrellati dai tedeschi a Castel del Rio (BO) il 31 maggio 1944 e poi trasferiti a Prato dove furono trattenuti nel catello della città prima di essere successivamente trasferiti a Fossoli.